Hybridijärjestelmien suunnittelu ja virittäminen on haasteellista. Testaukseen on panostettava. Järjestelmien toimintaa on seurattava, kuten ilmanlaatu, lämpö ja kosteus mahdollisesti hiilidioksidi, ilmamäärät, ilman virtaus,… energiankulutus huoltotoimenpiteet kuten ilmanvaihdon suodattimien puhtaus.

Kompressorien äänihaitat voi jäädä huomioimatta suunnittelussa ja aiheuttaa paljon hankalia lisätöitä.