Motiva Oy omistaa (100 %) tytäryhtiön Motiva Services Oy:n, joka tarjoaa palveluja ensisijaisesti yrityksille ja kunnille, ja Ympäristömerkintä Suomi Oy:n, joka hallinnoi Suomessa sekä pohjoismaista ympäristömerkkiä Joutsenmerkkiä että EU-ympäristömerkkiä.